Flüt temizliği için her kullanımdan sonra yıkayabilirsiniz. Fakat içerisinin nemli kalmaması için mutlaka ince bir çubuk ve bez yardımıyla içini silebilirsiniz. Genellikle flütlerin yanında temizleme çubuğu verilir. Temizleme bezinin ucunu göreceğiniz şekilde ve miktarda temizleme çubuğunun içinden geçirin ve bezi sarın. Tek bir yöne doğru sarın ve ağızlık içerisine itin. Bu şekilde flütü temizleyebilirsiniz.