Karma eğitim, Türkiye’nin ahlaki, inanç ve kültürel değerleri ile bağdaşmadığından dolayı hiçbir dönemde istenen faydayı sağlamaz. Karma eğitimin zararları açısından ise bu eğitim modeliyle çocuklarda ve gençlerde amaçlanın aksine, psikolojik ve sosyal olarak negatif etkileri görülüyor. Kız ve erkek çocuklarının kişiliğinin oluştuğu en kritik süreçlerde psikolojik ve ruhi farklılıklar, yönelimler göz ardı edildiğinden dolayı bireylerde psikolojik sorunlar ortaya çıkar.
Aynı ortamı paylaşan erkek ve kız öğrencilerinde kendilerini rahat hissetme problemleri, içine kapanıklık, utangaçlık, özgüven eksiklikleriyle başarısızlığa neden verir. Bu dönemlerde olan kız çocukları daha duygusal olduğu için bu olumsuzluktan daha fazla zarar gördüğü söylenebiliyor. Karma eğitim modellerinde kız ve erkek öğrenciler, bedensel ve ruhi farklılıkları göz ardı edilerek tamamen aynı eğitim modeline zorlanır. Bu durumda en önemli olumsuzluklar arasındadır.